El espíritu de renovación del Concilio de Trento (1545-1563) trajo cambios significativos a la celebración anual de la Semana Santa. En Zamora, se establecieron nuevas cofradías, se guió a las existentes hacia la observancia de la disciplina y la penitencia pública, y se añadieron más pasos procesionales, que no han sobrevivido hasta nuestros días.

En 1593, se fundó la cofradía oficial de la Pasión de Zamora, la Real Cofradía del Santo Entierro, donde en su estación del Viernes Santo a la catedral se escuchaba el sermón del descendimiento, que ya no existe. En 1610, se fundó la Congregación de Nazarenos, que desapareció en 1630. En 1651, esta cofradía fue refundada, adoptando el nombre de cofradía de Jesús Nazareno, comúnmente conocida como Congregación. Esta cofradía realizaba y sigue realizando su salida en la mañana del Viernes Santo. Su hábito actual conserva los mismos elementos, con ligeras modificaciones, del original del periodo barroco.

El Cristo de las Injurias, se encuentra en la catedral En el siglo XVIII, es importante destacar la figura de Don Antonio Jorge Galván, que fue obispo de la diócesis de Zamora desde 1767 hasta 1776. Reorganizó la Semana Santa, con el objetivo de eliminar los elementos poco ortodoxos, configurando una pasión que se asemeja notablemente a la actual.

Historia: Edad Contemporánea

La desamortización de bienes eclesiásticos en el siglo xix afectó al patrimonio de parroquias y cofradías. La Semana Santa se renovó con las obras de Ramón Álvarez, natural de Coreses, que aportó numerosos pasos e imágenes a la Pasión. A finales de siglo, se creó la Junta de Fomento de la Semana Santa, que se encargó de difundir y mejorar la celebración. La Junta de Fomento se convirtió más tarde en Junta Pro-Semana Santa, y organizó actividades como el cartel anunciador, el Pregón de Semana Santa y el Pórtico musical de la Semana Santa, además de varias exposiciones y publicaciones.3​

El siglo xx fue una época de gran desarrollo y expansión de la Semana Santa fuera de la ciudad. En 1925 se fundó la Cofradía del Cristo de las Injurias y en 1935 la cofradía de Jesús del Vía Crucis. La Guerra Civil supuso un paréntesis en la Semana Santa, ya que algunas cofradías no procesionaron y se reutilizaron carteles de años anteriores por la falta de papel. En la posguerra y bajo el influjo del Nacional-catolicismo, un grupo de jóvenes de Acción Católica, fundaron la Hermandad de Jesús Yacente que sacó en procesión el Yacente hallado en la iglesia de la Concepción en 1941. El Nacional-catolicismo que promovió el régimen franquista favoreció el esplendor de la Semana Santa Zamorana, como en el resto de España. En 1943 un grupo de excombatientes fundaron la cofradía de Jesús en Su Tercera Caída. En esa década de los años 40, también se fundaron la cofradía de la Entrada Triunfal en Jerusalén, la Sección de Damas de la Soledad y la cofradía de Jesús del Vía Crucis. En 1956 un grupo de jóvenes fundó la Hermandad de Penitencia, de inspiración rural, que se conoció popularmente como las Capas Pardas, por las capas alistanas que visten los penitentes.

En 1961, en un momento de evidente crisis en la Semana Santa, se fundó la Sección de Damas de la Esperanza de la cofradía de Jesús del Vía Crucis, además en 1964 se inauguró el Museo de Semana Santa. Cuatro años después, se fundó la Hermandad de las Siete Palabras (1968) que fue la primera cofradía en admitir mujeres vestidas con hábito y caperuza en sus filas, la Hermandad Penitencial del Espíritu Santo (1974) y la de la Buena Muerte (1975). Más tarde, en 1989, se funda la hermandad más joven de la Semana Santa de Zamora y que rinde tributo a los que la hicieron posible, la Hermandad de Nuestro Señor, Jesús Luz y Vida. Cabe destacar también que en 1986, la Semana Santa zamorana, fue declarada de Interés Turístico Internacional. Durante este periodo de mediados del siglo xx sobresalen algunos autores que escriben y estudian el entorno de la Semana Santa Zamorana y es el juez Federico Acosta Noriega que publica varios poemas dedicados a las procesiones y cofradías.

La Semana Santa de Zamora goza de una gran relevancia social y cultural en los primeros años del siglo xxi, así como de una alta participación. Se han añadido nuevos pasos y grupos escultóricos. Este auge no está libre de problemas como las largas listas de espera para entrar en muchas de las hermandades, que tienen cupos cerrados y la incorporación de la mujer a la Semana Santa.