Fecha sin determinar: No se puede determinar una fecha precisa para la fundación de la Hermandad debido a la falta de documentación sobre sus orígenes. El libro más antiguo de la corporación es un registro de hermanos que abarca desde 1660 hasta 1743. Se cree que la Hermandad fue fundada en el siglo XVI, pero no hay una confirmación de cuándo y dónde se estableció exactamente.

Aún se desconocen las Reglas y la aprobación de las mismas, ya que en 1583, el Arzobispo de Sevilla se quejaba de la proliferación de Hermandades y Cofradías que no tenían vida legal ni jurídica debido a la falta de reglas y aprobación previa del Señor Provisor del Arzobispado. En ese momento, se sabe que algunas Cofradías no participaron en la Procesión del Corpus debido a la falta de confirmación de sus Reglas por el Ordinario.

Se desconoce la fecha exacta de la fundación de la Cofradía "Exaltación de Cristo y Lágrimas", pero se puede afirmar que fue en el siglo XVI, ya que en una relación encontrada por D. Hilario Arenas en el Palacio Arzobispal, de cuarenta Cofradías que figuraron por orden de antigüedad en la Procesión del Corpus del año 1602, esta Hermandad ocupaba el número once.

En cuanto al siglo XVIII, la Hermandad conserva dos pequeños cuadernos con actas que abarcan desde el año 1712 hasta 1746.

En cuanto a los años en los que realizó la Estación de Penitencia en este siglo, no se pueden precisar todos debido a la escasez de acuerdos de la Cofradía en sus documentos, pero se sabe que la realizó en 1718, primer año de su salida procesional en la tarde del Viernes Santo.

La Hermandad posee también un libro de acuerdos que abarca desde el 2 de marzo de 1732 hasta el 30 de abril de 1786. A través de estos documentos, se puede observar que la corporación se encontraba en buen estado y poseía algunos bienes.

La Hermandad se incorpora en goce de gracias espirituales con la Orden de Trinitarios Descalzos.

La Hermandad se incorpora en goce de gracias espirituales con la Orden de Franciscanos.

La Hermandad se incorpora en goce de gracias espirituales con la Real Congregación de Alumbrado y Vela al Santísimo Sacramento.

La Hermandad se incorpora en goce de gracias espirituales con la Orden de la Merced.

La Hermandad se incorpora en goce de gracias espirituales con la Orden de Carmelitas Descalzas y la Orden de los Cartujos y Trapenses.

La Hermandad se incorpora en goce de gracias espirituales con la Orden de San Basilio el Magno.

La Hermandad se incorpora en goce de gracias espirituales con la Pía Unión del Sagrado y Amantísimo Corazón de Jesús, de Santa María Ad Pineam de Roma.

19 de mayo de 1901: El Cabildo General, presidido por el lltmo. Sr. Provisor del Arzobispado de Sevilla D. Jerónimo Alvarez Troya, declara disuelta la Hermandad por decreto gubernativo debido a 16 años sin señales de culto alguno. Se nombra una Junta de Gobierno Interina, encargada de reorganizar la Corporación y se nombra como Hermano Mayor a D. Luis María Ybarra González.

Años 1956-1959: La Hermandad realiza la Estación de Penitencia en la tarde del Viernes Santo.

23 de septiembre de 1964: Por decreto del Ilustrísimo Señor Vicario General del Arzobispado de Sevilla Dr. D. Emilio Aguilar, se unen la Real y Muy Ilustre Hermandad del Santísimo Sacramento, Purísima Concepción y Animas Benditas del Purgatorio de la Iglesia de Santa Catalina y la Pontificia, Real e Ilustre Hermandad y Archicofradía de Nazarenos del Santísimo Cristo de la Exaltación y Nuestra Señora en sus Lágrimas, aceptando el patronazgo de San Sebastián Mártir y de una manera especial a la Santísima Virgen en su Inmaculada Concepción. Ambas hermandades forman una sola entidad.