Siglo XIII: Los frailes dominicos construyen el primer convento, donde se celebran las primeras reuniones de los cofrades. Santo Domingo de Guzmán está al frente de este convento.

Siglo XVI: En este siglo se ubica el Crucifijo que se encuentra en la Capilla.

Se redacta el primer documento escrito, considerado el documento fundacional de la cofradía, el 26 de diciembre de este año.

Año desconocido: La cofradía adopta el hábito negro inicialmente.

Año desconocido: Posteriormente, el hábito de la cofradía cambia al característico color morado.

Pablo de Villazán realiza la traza del artesonado de la Capilla, que cubre la nave de la Iglesia. Se basa en el modelo de la capilla de los Terceros del convento de San Francisco.

Pablo de Villazán crea el retablo mayor en el presbiterio de la Capilla. Es un retablo sencillo con tres calles y hornacinas para imágenes.

José de Sierra esculpe las imágenes de Magdalena y San Juan, que se colocan a ambos lados de la Epístola y del Evangelio en el retablo mayor.