Hasta la Semana Santa de 1989, los líderes y presidentes de algunas Cofradías y Hermandades de la ciudad, bajo la coordinación de D. Manuel Lanza Morales, presidente de Nuestra Señora de la Soledad, se reunían para organizar los desfiles procesionales. Al enterarse de esto, D. Marcelo González Martín, Cardenal de Toledo y Primado de España, sugirió la creación de una Junta de Cofradías para coordinar los actos y cultos de todas las Cofradías.

Después de varias reuniones, informaron al Cardenal D. Marcelo González que D. Andrés Sánchez Escobar había sido elegido como presidente, siendo ratificado por el Cardenal el 28 de septiembre de 1989.

El 25 de noviembre de 1989, por decreto del Cardenal D. Marcelo González, la Junta de Cofradías y Hermandades de Semana Santa se constituyó como una confederación de asociaciones públicas de fieles de Semana Santa, con personalidad jurídica pública de ámbito interparroquial, en virtud del Decreto de erección canónica del Arzobispo de Toledo, Primado de España.

Durante su existencia, la Junta inició relaciones institucionales con los organismos oficiales de la ciudad y con el Excmo. Cabildo de la Santa Iglesia Catedral Primada, obteniendo pequeñas ayudas para la elaboración de un programa informativo y un cartel de la Semana Santa.

Con el objetivo constante de enriquecer las procesiones de Jueves y Viernes Santo, la Junta se reunió con los líderes de las Cofradías Descendimiento, Virgen de las Angustias, Caballeros y Damas Mozárabes, Santo Sepulcro, Soledad. A esta reunión también fueron invitados los líderes de las Cofradías del Cristo del Calvario y del Cristo de la Misericordia.

De esta reunión surgió el acuerdo de los horarios para unificar en una sola Procesión todas las imágenes que, saliendo desde distintos lugares de la ciudad, realizarían el recorrido conjunto por las calles principales de la ciudad.

En 1992, los párrocos D. Juan Díaz Bernardo y D. José María Cabrero de la Parroquia de los Santos Justo y Pastor, propusieron a la Junta de Cofradías participar en la procesión de Jueves Santo. Ofrecieron la imagen de Cristo atado a la columna del artista Juan Guas del siglo XVI, que está enterrado junto al Cristo en la Capilla que lleva su nombre. La Junta de Cofradías aceptó la propuesta, y así la procesión de Jueves Santo se completó con esa imagen, siguiendo el orden de los “misterios dolorosos” del Santo Rosario.

El Viernes Santo toledano se ha distinguido históricamente por la Procesión del Santo Entierro que sale a la calle de la Parroquia de Santa Justa y Rufina.

Cabe destacar que el espíritu de hermandad de todas las Cofradías y el compromiso común de enriquecer el Viernes Santo contribuyó a la nueva organización que tendría a partir de entonces la Procesión de este día.

Los resultados positivos se mantienen y han servido para que este día la ciudad sea muy visitada, y la Procesión se valore por su gran valor religioso, organizativo y espíritu penitencial de la Semana Santa.

El 15 de abril de 1995, se ratificaron los primeros estatutos por el Obispo Auxiliar y Vicario de Toledo, D. Rafael Palmero Ramos. La entidad está registrada en el Libro de Hermandades y Cofradías del Arzobispado con el número 212. Su propósito es puramente religioso-social y apostólico, sin fines de lucro, y los cargos de sus representantes legales son completamente voluntarios.

En 1997, D. Manuel Lanza Alandi asumió el cargo de presidente, tomando posesión el 10 de septiembre de ese año.

Durante su mandato, se potenció el acto del Pregón de la Semana Santa, se creó un ciclo de conferencias durante la cuaresma con tres conferenciantes al año. Se inició el “Sermón de las siete palabras” en la Plaza del Ayuntamiento, y se asistió a Roma para la entrega del anillo cardenalicio de D. Francisco Alvarez.

Se adquirieron distintivos, medallas y cetros para los miembros de la directiva de la Junta de Cofradías y se firmaron los primeros acuerdos de colaboración con las entidades de la ciudad.

En 2001, se recuperó la imagen del Santísimo Cristo de los Ángeles, que desde entonces procesiona todos los miércoles Santos, con sede canónica en el convento de las Religiosas Agustinas de la Inmaculada Concepción (Gaitanas).

Dado el creciente interés en la Semana Santa toledana, con la recuperación de imágenes, carrozas, andas y otros enseres, se iniciaron las primeras gestiones con el Alcalde D. José Manuel Molina, para que la Semana Santa toledana sea considerada Fiesta de Carácter Nacional, quien lo consideró e inició los trámites correspondientes.

En 2002, D. Agustín Granados García fue nombrado presidente. Continuó en la línea anterior, restauró la imagen del Cristo Resucitado de la Iglesia de San Miguel, propuso y apoyó a la Cofradía que quisiera hacerse cargo de la imagen de Cristo Rey en su entrada triunfal en Jerusalén, para que procesionara en la ciudad el Domingo de Ramos. De dicha imagen se hizo cargo la Venerable, Real e Ilustre Hermandad de Nuestra Madre María Inmaculada en su Mayor Angustia y Piedad.

Inició los contactos con la Junta de Comunidades de Castilla la Mancha, para recuperar la imagen del Santísimo Cristo de la Humildad, que tras muchos trámites se consiguió para que la Hermandad iniciara los trámites correspondientes.

En enero de 2006, D. Antonio Cañizares Llovera, Cardenal de Toledo. Primado de España, nombró a D. José Antonio Fernández Jiménez, Consiliario de la Junta de Cofradías y Hermandades, para animar a las entonces diecinueve cofradías de la ciudad.

El 9 de marzo de 2006, la Semana Santa de Toledo fue reconocida como de Interés Turístico Nacional, por el valor de su imaginería, orfebrería, carrozas, andas, y en especial por su espiritualidad unidos a una ciudad de gran trascendencia social, cultural e histórica.

El 9 de febrero de 2007, D. Fernando de la Macorra Morales de Ríos asumió el cargo de Presidente. Con el objetivo de dar una nueva identidad a la Semana Santa tras su declaración como Interés Turístico Internacional, modificó el formato del programa de divulgación de la Semana Santa, actualizando los textos de cada una de las cofradías y las fotografías que contenía.

El 12 de febrero de 2007, se introdujeron cambios a los primeros Estatutos, que fueron aprobados por el Canciller-Secretario General D. José Luis Martín Fernández-Marcote.

Tras la declaración de la Semana Santa como Fiesta de Interés Turístico Nacional, propuso a las autoridades locales y regionales que su compromiso con la Semana Santa debía ser mayor para poder apoyar a las Cofradías y Hermandades en la restauración de imágenes y carrozas, ya que parte de la ornamentación, orfebrería e imaginería en muchas Cofradías estaba bastante deteriorada debido al paso del tiempo y a la falta de recursos económicos. Esto llevó a la firma de convenios que se mantienen hasta hoy.

En la Semana Santa de 2008, procesionaron por primera vez el domingo de Ramos Cristo Rey en su entrada triunfal en Jerusalén y el Miércoles Santo El Santísimo Cristo de la Humildad.

En la Semana Santa de 2010, desfilaron en Toledo dos nuevas cofradías: la Cofradía del Santísimo Cristo Nazareno Cautivo de Toledo, con sede canónica en la Parroquia de San José Obrero y la Cofradía de Penitencia del Santo Cristo del Amor, del barrio de Buenavista, con sede canónica en la Parroquia de San Juan de la Cruz.

En febrero de 2010, D. Antonio Torres Márquez fue nombrado Presidente. Gestionó que la Junta de Cofradías tuviera su propia sede para poder mantener allí las reuniones con las Cofradías y Hermandades, logrando que en 2011 se firmara un convenio de cesión con el Ayuntamiento de Toledo, que cedió la casa del párroco de la Iglesia de San Sebastián.

Desde entonces, el presidente de la Junta de Cofradías es miembro del Consejo Asesor permanente de Hermandades y Cofradías, desde el cual se coordina a todas las Cofradías y Hermandades de la Diócesis, presidido por el Arzobispo de Toledo.

Reconocida la Semana Santa toledana en toda España, se propuso al Excmo. Ayuntamiento de Toledo que, tras cinco años desde la declaración de Interés Turístico Nacional, se podría iniciar el expediente para la declaración de Interés Turístico Internacional. Este trámite se está gestionando a través de los organismos oficiales y desde la propia Junta de Cofradías y Hermandades, con el objetivo de obtener tal reconocimiento en su día.

Desde la Junta de Cofradías se han llevado a cabo varias actuaciones: la representación de la Pasión, conciertos, ayudas a Caritas motivadas por la situación económica.

Debido a la constante participación en los Encuentros Nacionales de Cofradías Penitenciales, se propuso en una Asamblea solicitar ser la sede en Toledo para el XXVII Encuentro Nacional de Cofradías en 2014. Esta propuesta fue respaldada por la mayoría de los asistentes y el encuentro se celebró con gran éxito de participación.

Desde 2014, la Semana Santa de Toledo ha sido catalogada como de Interés Turístico Internacional.

Durante su mandato, se mantuvieron todas las actividades y colaboraciones que la Junta de Cofradías asumía. Tanto las cofradías, capítulos y hermandades de la ciudad (tanto de pasión como de gloria), como las instituciones con las que se colabora, valoraron muy positivamente la cercanía, el trato y la implicación del equipo que formó la Junta Rectora.

Es importante destacar que en los años 2020 y 2021, debido a la pandemia causada por el virus Covid-19 y al estado de excepción en el país por motivos de seguridad, se cancelaron los actos habituales de las cofradías y hermandades. En 2020, la Junta de Cofradías organizó una “Semana Santa virtual”, en la que, a través de medios digitales y con imágenes y vídeos de archivo, los cofrades pudieron seguir los actos y procesiones desde sus hogares, manteniendo así vivo su sentimiento cofrade. Ya en 2021, con menos restricciones pero aún sin poder celebrar los desfiles procesionales, la Junta propuso, con el consenso de todas las cofradías, montar pasos y altares en las distintas sedes canónicas, para que los hermanos, cofrades y fieles pudieran estar cerca de sus imágenes titulares, aunque éstas no pudieran salir a las calles.

En 2022, aún con medidas de seguridad, se reanudaron los cultos y las procesiones volvieron a las calles, con una relativa normalidad. Se inició un ciclo de música religiosa, con agrupaciones corales distribuidas por distintos espacios de la ciudad.