Principios del siglo XVII: Origen de las diferentes cofradías con la advocación de Jesús Nazareno, inspiradas en la Hermandad sevillana del Silencio. Estas cofradías compartían normas y características comunes, como la procesión en la Madrugada del Viernes Santo, vestimenta de sayales morados, portación de hachones, trompetas y la realización de estaciones del Vía Crucis.

Doña Teresa de Zúñiga, esposa de D. Rodrigo Ponce de León, Tercer Duque de Arcos, regala la imagen de Jesús Nazareno al Convento Mercedarios Descalzos en Rota. La imagen comienza a recibir culto en un altar de la iglesia del convento.

Alrededor de 1644: Fundación de la Hermandad de Nuestro Padre Jesús Nazareno en el mismo Convento Mercedarios Descalzos de Rota, encabezada por el Alférez don Lope Díaz como primer prioste y don Felipe Sánchez como mayordomo.

La Hermandad de Nuestro Padre Jesús Nazareno obtiene licencia del convento para construir una capilla adyacente a la capilla mayor de la iglesia, costeada por ellos mismos.

La Hermandad experimenta un crecimiento significativo, alcanzando un alto grado de esplendor bajo la dirección de selectas Juntas Directivas. Destaca la devoción y generosidad de Diego Martín Rico.

La hermandad amplía su cortejo procesional, añadiendo una imagen de la Virgen con el título de Amargura, la figura de Verónica, el Apóstol San Juan y el Cirineo para acompañar al paso del Señor.

La Hermandad asume la responsabilidad de celebrar el Sermón de las Siete Palabras o del Descendimiento y participa en la procesión del Santo Entierro, además de organizar la salida procesional de la Virgen de los Dolores.