La Parroquia de la Encarnación (Iglesia de Santa María de la Alhambra) fue trazada por Juan de Orea, conservando algunos aspectos del diseño primitivo ideado por Juan de Herrera, desestimado por su excesivo coste. Con todos estos cambios, las obras de construcción de la iglesia comenzaron en 1581 y se terminaron en 1618.

La imagen de Nuestra Señora de las Angustias de Santa María de la Alhambra salió de la gubia de Torcuato Ruiz del Peral y está datada entre los años 1750 y 1773.

La primitiva hermandad de la que la imagen de Ruiz del Peral era titular se fundó en 1887, aunque la advocación de la imagen era la de “Nuestra Señora de los Dolores”.

En 1909, con motivo del “Entierro antológico”, la imagen bajó por primera vez a las calles de Granada.

Entre los años 1910 y 1912, Santa María de la Alhambra realizó su salida con motivo de los Entierros Antológicos, para retomar su salida en 1917.

La Cofradía de Santa María de la Alhambra fue erigida canónicamente el 23 de mayo de 1928, por el entonces Arzobispo de Granada, el Cardenal Casanova y Marzol. Este año su salida procesonal la efectuó en Jueves Santo.

Entre 1929 y 1930 pasa a salir el Miércoles Santo, al prohibir el Arzobispo las procesiones del Jueves, a excepción de la del Silencio.

En 1931, la corporación alhambreña volvió al jueves santo, de donde no se moverá entre los años 1931 y 1976.

Vuelve a cambiar su salida procesional al Sábado Santo, día en el continúa procesionando.

En 1981, la cofradía asumió el carácter sacramental al fusionarse con la “Muy Antigua Hermandad Sacramental de la Santísima Trinidad y Nombre de Jesús“, con creación de turno de adoración nocturna.

La Cofradía de Santa María de la Alhambra estableció hermandad con la Hermanad Patronal de Nuestra Señora de las Angustias.

En 1990, se rubricó de manera definitiva tal fusión al cambiar el nombre de la cofradía añadiendo el nombre de esta primitiva hermandad erigida en la parroquia alhambreña en 1562, siendo arzobispo de Granada D. Pedro Guerrero.