Se desconoce la fecha exacta de fundación de la Hermandad del Santísimo Cristo de Burgos debido a las diferentes versiones presentadas por los historiadores en cuanto a sus orígenes. En respuesta a la solicitud de la Hermandad al Arzobispado para conocer la fecha de Erección Canónica, se recibió un certificado que indicaba literalmente: "Fundada en tiempo inmemorial".

Existen registros históricos de otras hermandades desaparecidas que llevaron el título de Cristo de Burgos, como la que existió en el antiguo convento de San Francisco (hoy Casas Consistoriales) y otra en la Iglesia de San Idelfonso. También hubo otra llamada de los Estudiantes, con el título de las Negaciones. Sin embargo, no se puede autentificar que alguna de ellas tenga relación con la actual Hermandad del Santísimo Cristo de Burgos.

La imagen del Santísimo Cristo de Burgos fue esculpida por Juan Bautista Vázquez "El Viejo" en 1573, lo que lo convierte en el Crucificado más antiguo de los que desfilan en la Semana Santa, con la excepción quizá del Cristo de la Vera Cruz, de autor y fecha desconocidos.

La Hermandad realizó su primera Estación de Penitencia con un solo paso.

La canastilla del "paso", de madera tallada, es de estilo neorenacentista y fue hecha por José Merino en 1939.

El Santísimo Cristo de Burgos y Madre de Dios de la Palma, uniéndosele el título de Negaciones y Lágrimas de San Pedro en las nuevas Reglas.

El Sr. Alcalde Presidente del Excelentísimo Ayuntamiento de Burgos fue nombrado Hermano Mayor.

Se otorgó el mismo título al Excelentísimo Ayuntamiento de la Ciudad de Sevilla.

La Hermandad celebró el cuarto centenario de la imagen con diversos actos de gran solemnidad y esplendor, culminando en octubre con su salida procesional a la Santa Iglesia Catedral.

La Hermandad del Santísimo Cristo de Burgos posee la Medalla de Oro de la ciudad de Burgos, otorgada por el Excmo. Ayuntamiento el 30 de febrero de 1993 e impuesta el 4 de febrero de 1994.